År før hendelsene i det første spillet, døde Sebastians datter, Lily, i en tragisk husbrann. Det var i det minste det han trodde opprinnelig. The Evil Within 2 følger Sebastian mens han reiser til byen Union. Med Lilys sinn i sentrum for selve skapelsen, er Union en blanding av klaustrofiske miljøer og store åpne områder som er modne for å lete etter spillere. Det forventes at du vil fordype deg i denne umenneskelige verden for å redde datteren din fra ondskapens klør.