I de fjerneste delene av verden eksisterer fortsatt magi, legemliggjort av ånder fra landet, himmelen og alle naturlige ting. Ettersom stormaktene i Europa strekker sine koloniimperier lenger og lenger, vil de uunngåelig gjøre krav på et sted hvor ånder fortsatt har makten – og når de gjør det, vil selve landet slå tilbake sammen med øyboerne som bor der.
Spirit Island er et komplekst og tematisk samarbeidsspill om å forsvare øyas hjem fra koloniserende inntrengere. Spillere er forskjellige ånder i landet, hver med sine unike elementære krefter. Hver tur velger spillere samtidig hvilke av kraftkortene de skal spille, og betaler energi for å gjøre det. Å bruke kombinasjoner av kraftkort som samsvarer med en ånds elementære tilhørighet kan gi gratis bonuseffekter. Raskere krefter trer i kraft umiddelbart, før inntrengerne sprer seg og herjer, men andre magier er tregere, og krever omtanke og planlegging for å bruke dem effektivt. I Spirit-fasen får ånder energi, og velger hvordan/om de skal vokse: å gjenvinne brukte kraftkort, å søke etter ny kraft, eller å spre tilstedeværelse til nye områder på øya.
The Invaders utvider seg over øykartet på en semi-forutsigbar måte. Hver sving utforsker de inn i noen land (deler av øya); neste sving bygger de i disse landene, og danner bosetninger og byer. I svingen etter det herjer de der, bringer smuss til landet og angriper alle innfødte øyboere til stede.
Øyboerne kjemper tilbake mot inntrengerne når de blir angrepet, og gir åndene litt annen hjelp, men de gjør det kanskje ikke alltid akkurat som du hadde håpet. Noen makter jobber gjennom øyboerne, og hjelper dem (f.eks.) å drive ut inntrengerne eller rense landet for skade.
Spillet eskalerer etter hvert: ånder sprer sin tilstedeværelse til nye deler av øya og oppsøker nye og mer potente krefter, mens inntrengerne trapper opp koloniseringsarbeidet. Hver tur representerer 1-3 år med alternativ historie.
Ved spillets start krever det å vinne å ødelegge hver siste bosetning og by på brettet - men etter hvert som du skremmer inntrengerne mer og mer, blir seier lettere: de vil stikke av selv om et visst antall bosetninger eller byer gjenstår. Nederlag kommer hvis noen ånd blir ødelagt, hvis øya blir overkjørt av ørken, eller hvis Invader-dekket er oppbrukt før seier oppnås.
Spillet inkluderer forskjellige motstandere å kjempe mot (f.eks: en svensk gruvekoloni eller en fjern britisk koloni) . Hver endring spiller på forskjellige måter, og tilbyr en annen vanskelighetsbane for å holde spillet utfordrende etter hvert som du oppnår ferdigheter.
